Arqidioqeza përfshin qytetin e Shkodrës dhe Pultin.
Shkodra fillimisht ka qenë sufragane e Selanikut, që ishte selia e ordinarit të krejt Ilirikut, por kur Justiniani e transferoi ordinarin në Okridë, Shkodra u bë sufragane e saj.
Rreth vitit 877 Shkodra ishte sufragane e Dioklesë dhe prej shek. XI qe sufragane e arqidioqezës së Tivarit.
Dioqeza e Pultit u ngrit në shek. IX dhe fillimisht ishte sufragane e arqidioqezës së Dioklesë. Më pas u bë sufragane e arqidioqezës së Selanikut. Prej vitit 1340 deri në vitin 1520 ekzistuan dy dioqeza të Pultit apo të Pulatit, të quajtura Pulati i Madh dhe Pulati i Vogël.
Rreth fundit të shek. XV dioqeza e Shkodrës ra në një periudhë dekadence dhe u konsiderua si dioqezës in partibus infidelium
Prej vitit 1524 deri në vitin 1534 pasardhësia ipeshkvnore paraqet një ndërprerje, që pasohet prej një periudhe të gjatë të selisë vakante prej vitit 1543 deri në vitin 1575.
Edhe pasardhësia e ipeshkvijve të Pultit aty nga fundi i shek. XV u bë e paqartë dhe u ndërpre përpara gjysmës së shek. XVI për të rifilluar vetëm në vitin 1656.
Më 14 mars 1867 dioqeza e Shkodrës u bashkua me arqidioqezën e Tivarit dhe u më pas u ngrit në rangun e arqidioqezës metropolitane, me sufragane Lezhën, Pultin dhe Sapën.
Më 23 tetor 1886 arqidioqeza e Shkodrës u nda prej asaj të Tivarit, por vazhdoi të jetë arqidioqezë metropolitane dhe ruajti të gjitha sufraganet e saj.
Në vitin 1993 Shën Gjon Pali II rindërtoi episkopatin shqiptar pas diktaturës komuniste.
Më 25 janar 2005 arqidioqeza e Shkodrës u bashkuar me dioqezën e Pultit dhe mori emrin që ka tani: Arqidioqeza Shkodër-Pult.